所谓的农产品进项税额核定扣除，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额 ，而是根据《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》(财税〔2012〕38号)等文件精神，根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额。简单点说就是：纳税人购进农产品，原来有票就可以抵，现在是销多少核定你抵多少。

1.抵扣时间不同

进项税额的扣除环节由购进环节，调整为销售环节(个别为生产领用环节，比如农产品用于不构成货物实体的情况)。

2.计算方法不同

原扣除方法：区分专用发票和农产品发票两种情况；

取得专票：农产品进项就等于专票上不含税金额*扣除率；

取得农产品发票：农产品进项就等于含税买价*扣除率。

核定扣除的计算方法：区分工业生产环节、商业环节、服务业环节和不够成货物实体及直接销售等情况

农产品单耗数量(投入产出法)、农产品耗用率(成本法)和损耗率(购进农产品直接销售)统称为扣除标准。

3.扣除率不同

1.投入产出法

例：某公司(增值税一般纳税人)2017年8月1日～8月31日销售1000吨巴氏杀菌乳，主营业务成本为600万元，行业原乳单耗数量为1.055，原乳平均购买单价为4500元/吨。按照投入产出法，该公司当期允许抵扣的进项税额：

【解析】当期允许抵扣的进项税额=当期销售货物数量*农产品单耗数量*农产品平均购买单价*扣除率/(1+扣除率)=1000×1.055×4500/10000×11%÷(1+11%)=47.04(万元)。

2.成本法

例：某公司(增值税一般纳税人)2017年8月1日～8月31日销售1000吨调制乳，主营业务成本为600万元，企业农产品耗用率80%，原乳平均购买单价为4500元/吨。按照成本法，该公司当期允许抵扣的进项税额：

【解析】当期允许抵扣的进项税额=当期主营业务成本*农产品耗用率*扣除率/(1+扣除率)=600×80% ×17%÷(1+17%)=69.74(万元)

3.购进后直接销售

例：某企业(增值税一般纳税人)是《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》的试点抵扣单位，2017年10月，该企业外购农产品100吨，直接对外销售90吨。该批农产品购买单价每吨40万元，损耗率5%，则当期允许抵扣的增值税进项税额：

【解析】当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/(1-损耗率)×农产品平均购买单价×11%/(1+11%)=90/(1-5%)×40×11%/(1+11%)=375.53万元。

4.购进后用于生产经营但不构成货物实体

例：某葡萄酒厂(一般纳税人)购进原木生产包装物，2017年9月生产包装物耗用原木1500方，平均购买单价为100元/方，当月原木可抵扣的进项税额：

【解析】当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用数量*农产品平均买价*11%/(1+11%)=1500*100*11%/(1+11%)=14864.86元

例：某牧业股份有限公司2017年9月份销售冷鲜带骨及去骨肉50吨，每吨售价4.8万元。收购胴体羊52吨，其中取得11%的增值税专用发票45张，注明的金额为120万，增值税额13.2万元，农产品收购发票1000张，收购金额100万元，税率为11%。假设该牧业股份有限公司2017年农产品实行核定扣除，采用投入产法，农产品单耗为1.0113，请问9月的应纳增值税如何计算？

核定扣除前：

销项税金：50*4.8*11%=26.4万元

进项税金：13.2+100*11%=24.2万元

应纳增值税：26.4-24.2=2.2万元

核定扣除后：

销项税金(计算方式不变)： 50*4.8*11%=26.4万元

进项税金：

农产品耗用数量=50*1.0113=50.565吨

农产品平均买价：(120+13.2+100)/52=4.4846万元

进项税金：=50.565*4.4846*11%/(1+11%)=22.47万元

应纳增值税：26.4-22.47=3.93万元